マーカーは線の端に表示できます。また、マーカーを線の上に描画するか下に描画するかをフラグで制御します。

ScottPlot.Plot myPlot = new();

var line1 = myPlot.Add.Line(0, 0, 1, 1);
line1.LineColor = Colors.Orange;
line1.LineWidth = 5;
line1.MarkerColor = Colors.Red;
line1.MarkerSize = 20;
line1.MarkerShape = MarkerShape.FilledCircle;
line1.LineOnTop = true; // 描画順序はここで制御されます

var line2 = myPlot.Add.Line(1, 0, 2, 1);
line2.LineColor = Colors.Orange;
line2.LineWidth = 5;
line2.MarkerColor = Colors.Red;
line2.MarkerSize = 20;
line2.MarkerShape = MarkerShape.FilledCircle;
line2.MarkersOnTop = true; // 描画順序はここで制御されます

myPlot.SavePng("demo.png", 400, 300);