ヒートマップ全体の透明度を調整できます。

ScottPlot.Plot myPlot = new();

double[,] data = SampleData.MonaLisa();

// 折れ線グラフを作成する
myPlot.Add.Signal(Generate.Sin());
myPlot.Add.Signal(Generate.Cos());

// 折れ線グラフの上にヒートマップをプロットする
var hm = myPlot.Add.Heatmap(data);
hm.Position = new(10, 35, -1.5, .5);
hm.Opacity = 0.5;

myPlot.SavePng("demo.png", 400, 300);