ヒートマップのセルは、デフォルトで中央に配置されます。これは、左下のセルが (0, 0) を中心とし、その左下隅が原点の左下に位置することを意味します。セル配置を左下に設定すると、ヒートマップの左下が正確に (0, 0) になります。

ScottPlot.Plot myPlot = new();

double[,] data = {
    { 1, 2, 3 },
    { 4, 5, 6 },
    { 7, 8, 9 },
};

var hm = myPlot.Add.Heatmap(data);
hm.CellAlignment = Alignment.LowerLeft;

myPlot.SavePng("demo.png", 400, 300);